GDIS

GDIS Software

GDIS (Graphical Display Interface for Structures) adalah program visualisasi ilmiah untuk manipulasi, display, dan analisis molekul terisolasi dan struktur periodik. Hal ini dalam pengembangan, tapi tetap cukup fungsional. Ini memiliki fitur berikut:

• Dukungan untuk banyak format file umum (CIF, PDB, XTL, XYZ, dan banyak lagi).
• Job pengajuan alat untuk paket kimia komputasi: GAMESS, Gulp, ReaxMD, dan SIESTA.
• Job analisis dan alat grafik untuk simulasi dinamika.
• Berguna manipulasi alat, termasuk matriks transformasi dan konstruksi supercell.
• Permukaan yang kuat dan alat generasi kristal morfologi.
• Pola difraksi generasi dan merencanakan.
• Animasi multi-frame file.
• Aneka alat untuk visualisasi (pengukuran, pita, layar polyhedral).

Berikut akan saya jelaskan beberapa langkah penggunaan aplikasi GDIS ini. disini saya akan menggunakan contoh sederhana yakni dengan membuat molekul air (H2O) dengan aplikasi ini. langkah-langkahnya adalah sebagai berikut.

Seperti biasa buka aplikasi GDIS, dimana tampilan awalnya akan seperti berikut :

Klik pada ikon new model untuk membuat model baru,

Pada kolom model pilih model : editing,

Pada bagian label ketik nama atom yang akan digunakan, kemudian klik pada bagian Addatoms dan klik pada jendela gambar, maka atom akan muncul. Pada penjelasan kali ini saya akan membuat molekul air sehingga saya akan membuat dua atom H dan sebuah atom O.

Berikutnya untuk membuat ikatan antar atom diatas, klik Add bonds dan klik salah satu atom dan tarik ke atom lainnya dan molekul air pun selesai kita buat…

Pada aplikasi ini disediakan beberapa jenis tampilan molekul, seperti pada aplikasi kimia lainnya dan untuk memilih tampilan yang diinginkan dapat kita lihat dengan memilihDisplay pada bagian model seperti pada gambar berikut ini.

Klik sesuai dengan keinginan mka secara otomatis bentuk molekul akan berubah-ubah sesuai pilihan anda. :)

Menggunakan Tool Measurements

Dengan aplikasi GDIS kita dapat melakukan berbagai pengukuran seperti ikatan, jarak antar atom, serta sudut ikatan dari molekul yang kita buat. Caranya adalah klik ikonmeasurements. Maka akan muncul tampilan seperti berikut :

Klik pada tab search kemudian pilih parameter apa yang hendak kita ukur (Bonds, Distances, Intermolecular, Bond Angles, atau Angles) kemudian klik search. Maka padalabel list akan muncul nilai nilai dari pengukuran.

Tool Animation

Dengan tool animation ini kita dapat merekam aktifitas kita dalam melakukan pengamatan ataupun membuat suatu molekul bahkan kita juga bisa menyimpannya dalam bentuk gambar dengan format .gif ataupun video. Untuk menggunakannya klik ikon Animation maka akan muncul tampilan berikut :

Klik pada tab rendering, beri centang pada bagian make movie, pilih jenis file keluaran dan isikan nama filenya kemudian close, maka kegiatan anda pada jendela gambar akan terekam.

Selanjutnya untuk memutar kembali hasil kegiatan anda, klik kembali ikon Animation lalu pada bagian bawah klik play dan kegiatan anda kan diputar..  :)

Sekian penjelasan saya mengenai aplikasi GDIS ini, semoga bermanfaat  :)

Avogadro

Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan yang bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.

Apa yang dapat dilakukan Avogadro?

• Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis).
• Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
• Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
• Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
• Embedded interpreter Python.
• Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
• Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
• Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.

Bagaimana cara menggunakannya ?

1. Pertama kita buka aplikasi Avogadro maka akan mucul tampilan sebagai berikut ini.

2.Bila dirasa background hitam dirasa kurang menarik maka kita bias merubahnya dengan cara View menu → set background color. Pilih warnayang Anda kehendaki.

3. Untuk memulai membuat bentuk molekul, pertama adalah klik tool settings. Kemudian baut garis dilayar makan akan terbentuk struktur molekeku.

4. Untuk mengubah tampilanm dari molekul kita dapat mengubahnya di pengarutan alat bantu, maka akan terdapat banyak pilihan disisni juga dapat digunakan unsure karbon dan jenis ikatan dari molekul

Missal molekul diubah menjadi Van Der Waals adalah sebagaui berikut

Cara Instal progam ini ada beberapa cara yaitu

1. Membuka terminal dengan cara ketik Ctrl+Alt+T

    Sudo apt-get update

    Sudo apt-get install Avogadro

2. Membuka Ubuntu Software →Scince & Engineering→Chemistry→Avogadro

3. http://avogadro.en.softonic.com/download

sumber :

http://avogadro.openmolecules.net

Chempaint

Chempaint adalah aplikasi yg mirip dengan Xdrawchem, yaitu editor 2D untuk struktur dan reaksi kimia. Namun ditambah dengan kemampuannya membuat dokumen dengan berbagai interface. Gambar berbagai molekul hasil Chempaint ini dapat disearch pada NIST Webbook and PubChem.

Cara Penggunaannya

1. Klik gchempaint maka akan muncul gambar sebagai berikut :

2. Misalnya kita akan menggambar struktur benzena, maka klik logo benzene pada panel disamping maka akan muncul gambar sebagai berikut :

3. Bila kita akan menggambar toluena, kita tambahkan etil dengan mengeklik line pada penel disamping, kemudian disambungkan pada salah satu ujung benzena kemudian menyatukan dengan select

Cara Instal

1. sudo apt-get update
    sudo apt-get install gchempaint

2.  Membuka Ubuntu Software → Scince & Engineering → Chemistry → gchempaint

3.  https://apps.ubuntu.com/cat/applications/precise/gchempaint/

Sumber :

http://gchemutils.nongnu.org/paint/manual/x114.html

http://packages.ubuntu.com/lucid/gchempaint

Kalzium

Kalzium adalah software (open source software – OSS) yang memanfaatkan tabel periodik untuk mengeksplorasi setiap unsur. Tapi ternyata tidak sekedar tabel periodik biasa, lebih dari sekedar tabel periodik. Kalzium berasal dari bahasa Jerman dari kata kalsium. Saat ini Kalzium sampai di versi Hidrogen. Untuk diketahui semenjak Kalzium menjadi aplikasi standalone ia versinya akan dinamai dengan urutan nama unsur dalam tabel periodik.

Cara menggunakan kalsium :

1. Klik apliaksi kalzium maka akan muncul tampilan sebagai berikut :

kita dapat merubah beberapa jenis tabel periodik yang kita ingin kan seperti :

Shot Periodic table

Long periodic table

Transition Element

DZ periodic Table

2. Bila kita ingin mengetahui lebih lanjut tentang salah satu atom maka kita tinggal klik atom tersebut, semisal kita ingin mengetahui tentang atom C maka tinggal kita klik saja 

 Model Atom

Isotop

Miscellanous

Spectrum

 Extra Information

3. Didalam Kalzium juga disediakan Isotop Table

 4. Kemudian didalam aplikasi Kalzium juga disediakan molecul Editor.

Pada menu display kita dapat memilih style dari bentuk moleculnya misalnya pilih ball and stick

Bila kita akan memulai menggambar maka klik edit 

 disini kita memilih element misalnya C dengan ikatan tunggal,  bila kita ingin menggunaka gambar hidrogen maka klik add hidrogen

 

Cara Intsall aplikasi

1.sudo apt-get update
sudo apt-get install kalzium
2.Membuka Ubuntu Software → Scince & Engineering → Chemistry → kalzium
Sumber :
http://www.kde.org/applications/education/kalzium/

BKChem

    BKChem adalah software Ubuntu untuk pelajaran kimia yang dikemas dengan fitur. Mendukung, menurut tim pengembang website: gambar ikatan molekul, panjang ikatan dan pembatasan sudut untuk membantu dengan gambar, siap untuk menggunakan template umum, mendukung warna, grafik vektor sederhana (persegi panjang, lingkaran, poligon, dan lain – lain) serta lainnya.

      Mengedit juga mudah dengan kemampuan unlimited undo dan redo, menyelaraskan, scaling, rotasi (2D, 3D), menyelaraskan molekul, rotasi fragmen molekul , definisi dari gambar (panjang ikatan, lebar, warna).

     BKChem memiliki kemampuan ekspor untuk SVG (data asli secara transparan tertanam ke dalam file SVG), OpenOffice Draw format, ODF (OpenOffice 2.0), Encapsulated PostScript, PDF, PNG, dukungan dasar untuk kedua CML1 dan CML2, Molfiles dan generasi SMILES. Dapat juga mengimpor CML1 dan CML2, Molfiles, SMILES (subset) dan inchi (subset). BkChem diterjemahkan dalam bahasa Inggris, Perancis, Ceko, Polandia, Jerman dan terjemahan Tradisional Cina.

 Cara penggunaan

1. Buka aplikasi Bkchem, maka akan muncul gambar sebagai berikut :

2.  Semisal kita akan membuat benzil klorida menjadi metil benzoat. Klik cincin benzena. Klik pada lembar berwarna putih seperti pada gambar di bawah ini.

3.  Untuk menambah lengan klik draw

4. Untuk menuliskan atom maka digunakan text

 Cara Instal BKChem

1. Download di http://bkchem.zirael.org/download_en.html

2. Membuka terminal dengan cara ketik Ctrl+Alt+T

Sudo apt-get update

sudo apt-get install BkChem

3.Membuka Ubuntu Software → Scince & Engineering → Chemistry → BKChem

Sumber :

http://bkchem.zirael.org/

JMOL

Jmol merupakan program visualisasi yang bersifat open source dan bebas untuk didistribusikan. Jmol dikembangkan berdasarkan java sehingga pastikan Java Runtime Environment (JRE) telah terinstall di komputer sebelum menggunakan Jmol. Jmol didesain bisa sebagai applet dari web ataupun berdiri sendiri. Dengan Jmol kita dapat membuat animasi, menampilkan vibrasi dll. Salah satu format yang bisa dibaca Jmol adalah format file HyperChem.

Cara menggunakan Jmol

1. Buka Apliaksi Jmol maka akan muncul jendela sebagai berikut:

2. Klik Open the mode kit, muncul  senyawa CH­4 seperti di bawah ini

3. Misalnya kita akan mengubah CH4 menjadi C2H6, dengan cara mengeklik salah satu ujung lengan dari CH4 maka akan mucul cambar sebagai berikut :

sebelum diklik salah satu ujungnya

4. Untuk memberi nama pada setiap atom, klik display lalu klik label dan pilih sesuai yang kita inginkan ada number, nama, semisal menggunakan nama maka akan muncul tampilan sebagai berikut ini:

bila kiat menggunakan number maka akan mucul tampian sebagai berikut:

Cara Instal Jmol

1. Jmol dapat di download di jmol.org.

2. sudo apt-get update
     sudo apt-get install jmol

3. Membuka Ubuntu Software → Scince & Engineering → Chemistry → Jmol

Sumber :

http://jmol.sourceforge.net/