Chemistry Media

GDIS Software GDIS ( Graphical Display Interface for Structures ) adalah program visualisasi ilmiah untuk manipulasi, display, dan analisis molekul terisolasi dan struktur periodik. Hal ini dalam pengembangan, tapi tetap cukup fungsional. Ini memiliki fitur berikut: Dukungan untuk banyak format file umum (CIF, PDB, XTL, XYZ, dan banyak lagi). Job pengajuan alat untuk paket kimia komputasi: GAMESS, Gulp, ReaxMD, dan SIESTA. Job analisis dan alat grafik untuk simulasi dinamika. Berguna manipulasi alat, termasuk matriks transformasi dan konstruksi supercell. Permukaan yang kuat dan alat generasi kristal morfologi. Pola difraksi generasi dan merencanakan. Animasi multi-frame file. Aneka alat untuk visualisasi (pengukuran, pita, layar polyhedral). Berikut akan saya jelaskan beberapa langkah penggunaan aplikasi GDIS ini. disini saya akan menggunakan contoh sederhana yakni dengan membuat molekul air (H2O) dengan aplikasi ini. langkah-langkahnya adalah sebagai berikut....

Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan yang bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang. Apa yang dapat dilakukan Avogadro? Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank)   atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis). Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular. A ntarmuka untuk banyak paket komputasi umum....

Chempaint adalah aplikasi yg mirip dengan Xdrawchem, yaitu editor 2D untuk struktur dan reaksi kimia. Namun ditambah dengan kemampuannya membuat dokumen dengan berbagai interface. Gambar berbagai molekul hasil Chempaint ini dapat disearch pada NIST Webbook and PubChem. Cara Penggunaannya 1. Klik gchempaint maka akan muncul gambar sebagai berikut : 2. Misalnya kita akan menggambar struktur benzena, maka klik logo benzene pada panel disamping maka akan muncul gambar sebagai berikut : 3. Bila kita akan menggambar toluena, kita tambahkan etil dengan mengeklik line pada penel disamping, kemudian disambungkan pada salah satu ujung benzena kemudian menyatukan dengan select Cara Instal 1. sudo apt-get update     sudo apt-get install gchempaint 2.   Membuka Ubuntu Software → Scince & Engineering → Chemistry → gchempaint 3.   https://apps.ubuntu.com/cat/applications/precise/gchempaint/ Sumber : http://gchemutils.nongnu.org/paint/manual...

Kalzium adalah software ( open source software  – OSS) yang memanfaatkan tabel periodik untuk mengeksplorasi setiap unsur. Tapi ternyata tidak sekedar tabel periodik biasa, lebih dari sekedar tabel periodik. Kalzium berasal dari bahasa Jerman dari kata kalsium. Saat ini Kalzium sampai di versi Hidrogen. Untuk diketahui semenjak Kalzium menjadi aplikasi  standalone   ia versinya akan dinamai dengan urutan nama unsur dalam tabel periodik. Cara menggunakan kalsium : 1. Klik apliaksi kalzium maka akan muncul tampilan sebagai berikut : kita dapat merubah beberapa jenis tabel periodik yang kita ingin kan seperti : Shot Periodic table Long periodic table Transition Element DZ periodic Table 2. Bila kita ingin mengetahui lebih lanjut tentang salah satu atom maka kita tinggal klik atom tersebut, semisal kita ingin mengetahui tentang atom C maka tinggal kita klik saja   Model Atom Isotop Miscellanous Spectrum  ...

    BKChem adalah software Ubuntu untuk pelajaran kimia yang dikemas dengan fitur. Mendukung, menurut tim pengembang website: gambar ikatan molekul, panjang ikatan dan pembatasan sudut untuk membantu dengan gambar, siap untuk menggunakan template umum, mendukung warna, grafik vektor sederhana (persegi panjang, lingkaran, poligon, dan lain – lain) serta lainnya.       Mengedit juga mudah dengan kemampuan unlimited undo dan redo, menyelaraskan, scaling, rotasi (2D, 3D), menyelaraskan molekul, rotasi fragmen molekul , definisi dari gambar (panjang ikatan, lebar, warna).      BKChem memiliki kemampuan ekspor untuk SVG (data asli secara transparan tertanam ke dalam file SVG), OpenOffice Draw format, ODF (OpenOffice 2.0), Encapsulated PostScript, PDF, PNG, dukungan dasar untuk kedua CML1 dan CML2, Molfiles dan generasi SMILES. Dapat juga mengimpor CML1 dan CML2, Molfiles, SMILES (subset) dan inchi (subset). BkChem diterjemahkan dalam...

Jmol merupakan program visualisasi yang bersifat open source dan bebas untuk didistribusikan. Jmol dikembangkan berdasarkan java sehingga pastikan Java Runtime Environment (JRE) telah terinstall di komputer sebelum menggunakan Jmol. Jmol didesain bisa sebagai applet dari web ataupun berdiri sendiri. Dengan Jmol kita dapat membuat animasi, menampilkan vibrasi dll. Salah satu format yang bisa dibaca Jmol adalah format file HyperChem. Cara menggunakan Jmol 1. Buka Apliaksi Jmol maka akan muncul jendela sebagai berikut: 2. Klik Open the mode kit, muncul  senyawa CH­ 4 seperti di bawah in i 3. Misalnya kita akan mengubah CH4 menjadi C2H6, dengan cara mengeklik salah satu ujung lengan dari CH4 maka akan mucul cambar sebagai berikut : sebelum diklik salah satu ujungnya 4. Untuk memberi nama pada setiap atom, klik display lalu klik label dan pilih sesuai yang kita inginkan ada number, nama, semisal menggunakan nama maka akan muncul tampilan sebagai berikut in...